المديرية الفرعية للمالية و المحاسبة مكلفة بـ:
- تحضير مشروع ميزانية الجامعة على أساس اقتراحات عمداء الكليات و مديري المعاهد و الملحقات.
- متابعة تنفيذ ميزانية الجامعة.
- تحضير تفويض الإعتمادات إلى عمداء الكليات و مديري المعاهد و الملحقات و ضمان مراقبة و تنفيذها
- متابعة تمويل أنشطة البحث التي تضمنها المخابر والوحدات.
- تحسين محاسبة الجامعة.
و هي تشمل المصالح التالية:
- مصلحة الميزانية و المحاسبة.
- مصلحة تمويل أنشطة البحث .
- مصلحة مراقبة التسيير والصفقات.